马尔康古为冉陇之地，历属多朝建制，1951年和平解放、1956年建县、2015年撤县设市，红色与土司文化厚重。
马尔康市历史沿革可追溯至远古。古为冉陇之地，秦属湔氐道，两汉隶汶山郡，唐宋时期为羁縻州属地，元明时期推行土司制度，境内逐步形成卓克基、松岗、党坝、梭磨四大土司并存的格局，被称为“四土地区”。清乾隆年间，朝廷两次征讨金川，马尔康一带作为后方基地发挥了重要作用。民国时期属理番县管辖。
1951年马尔康和平解放，1956年正式建县。2015年11月，经国务院批准撤县设市，成为阿坝州第一个县级市。
与同属嘉绒藏区的小金、金川相比，马尔康的历史发展更多受到土司政治和州府地位的影响。小金、金川经历过惨烈的乾隆两征金川之役，战后改土归流较彻底；而马尔康的土司制度一直延续到新中国成立初期，嘉绒社会结构保存更为完整，这直接导致了马尔康作为嘉绒文化核心区的地位。此外，1935-1936年红军长征“三进三出”马尔康，在此筹粮、开会、翻山，留下了厚重的红色文化积淀。如今，马尔康已从偏远的土司领地发展为现代化的高原城市，但土司官寨、古碉、嘉绒锅庄等文化符号依然鲜活。