三镇十二乡的区划格局
黑水县现辖3个镇、14个乡，共100个行政村、4个社区居委会。县人民政府驻芦花镇。
芦花镇是黑水县城所在地，位于县域中南部黑水河畔，海拔2350米，是全县政治、经济、文化中心和交通枢纽。镇内基础设施完善，国道347线穿镇而过。镇东侧有著名的芦花会议会址，是红军长征重要遗址。
卡龙镇位于县域东部，距县城约70公里，以卡龙沟景区而闻名。卡龙沟有“小九寨”美誉，沟内钙化彩池、瀑布群、原始森林交相辉映。色尔古镇位于县域东南部，黑水河出境处，海拔1790米，是全县海拔最低的区域，镇内保留着千年古藏寨——色尔古藏寨。
沙石多乡位于县域西北部，是达古冰川景区和奶子沟彩林景区所在地。奶子沟彩林绵延八十里，每年秋季游客云集。知木林乡是黑水核桃的主产区，核桃皮薄肉厚、油香浓郁。晴朗乡以藏族多声部民歌闻名，是国家级非遗“阿尔麦多声部民歌”的核心传承区。扎窝乡以卡斯达温舞著称。
近年来黑水县实现建制村100%通硬化路，乡镇100%通油路。各乡镇因地制宜发展特色产业，形成了“一乡一品、一村一业”的产业格局。